首先，屋顶的结构可能不适合光伏系统的长期安装。屋顶并不是所有建筑物的理想位置，特别是当屋顶的年限较长、结构不稳固或屋顶表面已有损坏时，安装光伏发电系统可能会带来额外的风险和费用。为了确保光伏板能够牢固地安装并发挥最大效能，屋顶需要具备足够的承重能力和防水性能。如果屋顶存在裂缝或其他结构性问题，安装光伏板可能会加重屋顶的负担，甚至导致漏水或其他建筑损坏。
其次，屋顶的朝向和倾斜角度对光伏发电效率有很大影响。光伏板的发电效率与日照时间和角度密切相关。位于屋顶上的光伏板可能因为屋顶的设计、地理位置或者遮挡物（如邻近建筑物、树木等）影响到太阳光的直接照射，导致其发电效率大幅下降。如果屋顶朝向不理想或者角度不合适，光伏发电系统的投资回报率将大打折扣。
另外，安装光伏系统可能会增加屋顶维护成本。屋顶原本是用来保护建筑物的，而安装光伏系统后，屋顶的维护和修复工作将变得更加复杂。如果屋顶上安装了光伏板，一旦发生漏水、破损或者需要更换屋顶材料的情况，维修工作将需要拆卸光伏板，甚至可能需要额外的人力和资金投入。这样不仅影响了维修效率，还可能增加不必要的支出。
此外，安装光伏系统需要专业人员进行设计和施工，这不仅需要较高的安装费用，还可能需要申请建筑许可等行政审批程序。在一些地区，光伏发电的安装受到严格的法律法规限制，可能需要额外的手续，甚至可能遭遇审批被拒的风险。因此，安装光伏发电系统的过程可能会非常繁琐和耗时。
再者，对于一些高楼建筑或者老旧建筑，安装光伏系统的可行性较差。高楼的屋顶由于安装空间有限，可能难以容纳足够数量的光伏板来满足能量需求。此外，对于一些老旧建筑，屋顶的承重能力可能不足以支撑大量光伏板的重量，导致无法安全地安装光伏发电系统。即便能够安装，也可能需要昂贵的加固措施。
最后，成本回收周期较长也是屋顶光伏发电系统的一大挑战。尽管光伏发电系统在长期使用中能够节省大量电费，但初期的投资仍然相当可观。对于一些经济条件有限的家庭或小企业来说，光伏系统的成本回收周期可能长达十年甚至更长时间，而短期内可能看不到显著的收益。此外，由于技术更新的迅速发展，设备的折旧也可能影响投资的回报。
总结来看，屋顶安装光伏发电虽然是一种环保且有潜力的选择，但其实际效果受限于建筑物的结构、屋顶的朝向、安装成本以及维护问题。在决定是否在屋顶安装光伏发电系统时，必须综合考虑这些因素，确保投资能够带来合理的回报。在一些特定情况下，选择地面光伏发电系统或者其他类型的能源解决方案可能会是一个更加理智的选择。